2015 nyarán a PMFC ismét a pécsi önkormányzat tulajdonába került, miután megvásárolták azt Matyi Dezsőtől. A klub nem kapta meg a 2015/16-os NB I-es szezonban való induláshoz szükséges licencet. A PMFC felnőtt csapata végül a Baranya megyei I. osztályra adta be indulási kérelmét.
A csapat meg is nyerte a megyei bajnokságot, így a 2016/17-es szezont már az NB III. Közép-csoportjában kezdhette meg, továbbra is a városi PSN Zrt. üzemeltetésében.
